Według badań nad biologią mózgu uruchomienie schematu opartego na traumatycznych wydarzeniach z dzieciństwa takich jak. np. porzucenie lub przemoc ma miejsce w konkretnych rejonach mózgu.

Podczas zapamiętywania traumatycznej sytuacji świadome wspomnienia powstają przy udziale systemu składającego się z hipokampa i powiązanych z nim obszarów kory mózgowej (system 2). Wspomnienia nieświadome tworzone są przez mechanizmy warunkowania lęku – w systemie limbicznym a konkretniej w ciele migdałowatym (system 1). Oba te systemy działają równolegle jednak przechowują różne rodzaje informacji. Kiedy w dorosłym życiu spotyka nas sytuacja przypominająca źródło traumy – oba systemy mogą aktywować odpowiednie wspomnienia.  System ciała migdałowatego odpowiada za reakcje fizjologiczne przygotowujące do poradzenia sobie z zagrożeniem i przechowuje informacje dotyczące emocjonalnej treści traumatycznego zdarzenia (wspomnienia emocjonalne), a system hipokampa i kory mózgowej odpowiada za świadome wspomnienia i postrzeżenia związane z tym wydarzeniem (wspomnienia poznawcze).

Reakcje emocjonalne mogą następować bez udziału procesów tj. myślenie, wnioskowanie i świadome działanie. Oznacza to, że emocje mogą powstawać w ciele migdałowatym bez świadomości wywołujących je bodźców (bez świadomych myśli i obrazów z poziomu kory). Ponadto system ciała migdałowatego jest szybszy od systemu hipokampa i kory. Sygnał o zagrożeniu biegnie przez wzgórze zarówno do ciała migdałowatego jak i do kory mózgowej – jednak do ciała migdałowatego dociera wcześniej  w sposób automatyczny– wówczas zanim jesteśmy w stanie przeanalizować bodziec na poziomie kory, ciało migdałowate zaczyna już na niego reagować.

To kora mózgowa po poznawczej ocenie bodźca odpowiada za tłumienie reakcji (tryb radzenia). Ciało migdałowate wywołuje reakcje, a nie tłumi. Stopień aktywności doznawanych emocji można zmniejszyć w miarę uzdrawiania schematu.

Schematy nigdy nie znikają całkowicie. Uleczenie polega na tym, że schemat uruchamia się rzadziej, powiązane z nim emocje są mniej intensywne i trwają krócej, a pacjenci odpowiadają na uruchomienie schematów w zdrowy sposób.

Podczas terapii schematów oddziałujemy na system drugi – rozmawiając, zastanawiając się, budując wspólne rozumienie problemów, umiejcawiając wszystko w kontekście historii życia pacjenta. Z czasem aktywizujemy coraz więcej emocji, po czym zaczynamy angażować system pierwszy – by móc przetwarzać kwestie emocjonalne. Aby móc leczyć schematy musimy je aktywizować, co umożliwia dostęp do struktur w których są one zapisane. Gdy emocje są mają odpowiednio wysoki poziom jesteśmy w stanie zmieniać i modyfikować schematy. Wzbudzone emocje nie mogą być zbyt silne ani zbyt słabe. Przy zbyt silnym zbudzeniu emocji przetwarzamy je tylko w obrębie systemu 1 – system 2 nie jest w stanie się aktywizować i nie jesteśmy w stanie wprowadzić zmiany która się zgeneralizuje i utrwali. W takich sytuacjach przechodzimy ponowo do drugiego systemu – osadzamy się i omawiamy poznawczo. Podsumowując podczas terapii na zmianę aktywizujemy system 1 i dodajemy treści do systemu 2. Podczas pracy powstają nowe ścieżki i połączenia neuronalne – z kory biegną nowe ścieżki które zaczynają obejmować układ limbiczny – system 2. System 2 zaczyna zyskiwać świadomą kontrolę nad tym co się dzieje w obrębie systemu 1.

Do aktywizacji treści pierwszego systemu i do ich modyfikacji służą przede wszystkim techniki doświadczeniowe, bo pozwalają na bezpośrednią aktywacje i modyfikacje zarówno treści poznawczych jak i leżących głębiej emocji (uczenie się przez doświadczanie). Techniki doświadczeniowe możemy szeroko zdefiniować wszelkie działania obejmujące poza werbalne zaangażowanie – scenki, praca z krzesłami, wyobrażenia, gry i zabawy. Techniki wyobrażeniowe wpływają na oba systemy:

System pierwszy – jesteśmy w stanie sięgnąć do jego treści (nieświadomość, kulisy świadomości), co umożliwia odkrycie faktycznych przyczyn reakcji, by później bezpośrednio modyfikować ich treść. Może to nastąpić podczas pracy doświadczeniowej z wyobrażeniami tzw. wyobrażeniowej zmiany skryptu ( np. zaopiekowane w wyobrażeniu wewnętrzne dziecko, które we wspomnieniu było krzywdzone teraz w wyniku zmiany skryptu zostało zaopiekowane – to powoduje budowanie nowych skojarzeń i rozbicie starych– nie kojarzymy już wewnętrznego dziecka z pogardą, a z troską). Podczas tworzenia w wyobrażeniu emocjonalnego mostu do przeszłości jesteśmy w stanie zaangażować system pierwszy – wówczas ten podpowiada obraz z dzieciństwa niezależnie od świadomości i systemu drugiego.

*wyobrażeniowa zmiana skryptu – wyobrażenie, w którym zmieniamy scenariusz wspomnienia z dzieciństwa, w którym miała miejsce toksyczna frustracja potrzeb lub skrzywdzenie pacjenta jako dziecko. System 2 jest świadomy i wie, że faktyczne zdarzenie wyglądało inaczej i że przedstawiona alternatywa jest „na niby”. Jednocześnie jednak zyskuje dostęp do tych wspomnień/doświadczeń które wpływają na zachowanie bieżące w dorosłym życiu – wówczas jest w stanie skuteczniej i trafniej rozpoznać schemat. W chwili dokonania zmiany skryptu wychodząc od frustracji potrzeb do ich zaspokojenia – w obrębie systemu pierwszego tworzymy nowe sieci (stare prowadzą do poczucia wstydu/strachu/zagrożenia, nowe powstałe w wyobrażeniu zmiany skryptów – prowadzą z tych samych punktów wyjścia ale do poczucia bezpieczeństwa, wpływu, bycia ważnym, zaopiekowanym).

System drugi – budujemy co raz większość świadomość wewnętrznych procesów, jesteśmy w stanie co raz skuteczniej przygotowywać grunt pod defuzję poznawczą ( np. zamiana myśli z poziomu krytyka wewnętrznego „Jestem beznadziejny” na „Moje doświadczenia ukształtowały we mnie tryb krytyka. Mój krytyk wewnętrzny próbuje mi wmówić, że jestem beznadziejny”. Pacjent przestaje przyjmować myśl jako fakt, zmienia się kontekst tego przekonania, nawet jeśli myśl jeszcze się pojawia.

Praca z krzesłami pozwala unaocznić elementy wewnętrznych sieci trybów powiązanych ze schematami (tryby dziecięce, tryby krytyka i tryby radzenia sobie). Sadzając tryby na krzesłach jesteśmy w stanie pokazać pacjentowi co się dzieje za kulisami jego decyzji i zachowań i stworzyć spójny wewnętrzny model jego psychiki nad którym wspólnie możemy pracować.

Odgrywanie ról i scen na żywo w gabinecie również należy do technik doświadczeniowych.  Wówczas system drugi pacjenta opisuje co zapamiętał z doświadczenia które odgrywa, a system drugi terapeuty pomaga zrozumieć treści i znaleźć niespójności logiczne.